专家指出，目前我国小水电开发管理中主要存在三大问题：一是规划滞后，环评缺失。目前各地上马的小水电项目大多没有编制流域开发规划，即使制订了规划也没有统筹考虑发电、生态保护等目标，造成对小流域的过度无序开发超过生态环境承载极限。二是开发权混乱，项目审批不严。由于国家没有明确各级政府对小水电开发的管理权限，造成各地小水电开发权管理混乱。近年来不按程序报批，无立项、无设计、无验收、无管理的水电站明显增多。三是监管缺位，违法普遍。2006年国家环保总局下发了《关于有序开发小水电，切实保护生态环境的通知》，但某些地区对小水电的管理并没有落到实处，违法违规现象依然严重。一些小水电建设存在“边建边报”、“未批先建”等违法现象，一些新编的中小河流水电规划甚至没有环评的规定：一些小水电项目虽已办理项目环评手续，但污染防治设施和生态保护措施未能与主体工程同时建设和落实。
有消息称，鉴于目前国内小水电开发投资的无序局面，有关部门正酝酿采取措施，推动对小水电的整治，具体措施将包括：加强管理，提高“入门建站”资格；建立生态补偿机制和水能资源有偿开发制度，降低开发商回报率。有关部门认为，降低小水电投资回报率是有效遏制违规无序开发小水电的必要举措。专家指出，小水电的投资热潮主要源于近年来全国性的电荒，在相关职能部门监察不力和经济利益的诱惑下，许多商家把投资小水电作为资本扩张的首选项目。在福建等地区，创办一个小水电的审批手续简单得出人意料，还有一些开发商绕过审批部门，违规建站。
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