一是结构优化、资金保障的投入机制。整合前，区财政支农资金投入有限，地方政府和企业甚至连一些上级要求配套的项目资金也很难保证，而且投入结构也不尽合理，“撒胡椒面”，突出不了重点；整合后，由于市、区、企业资金必须统一到位，列入专户，减少了拨付环节，资金到位慢、投入不足的问题一定程度上得到了缓解，提高了资金效率。而且，资金投入的重点由地方自主决定，可以按照地方发展规划和重点，因地制宜，有利于集中力量办大事。

　　二是管理集中、部门联动的协调机制。整合前，政府对三农的投入渠道有水务、农业、财政等部门，农业财政支出分部门管理。造成不同渠道的投资在使用分配、实施范围、建设内容、项目安排等方面有一定程度的重复和交叉。存在管理多头分散、条块分割、政出多门的现象，难以发挥整体效益；整合后，成立了由区委区政府领导为组长、各有关单位为成员单位的支农资金整合领导小组，由领导小组协调各部门单位，形成了集中管理、集体决策、政出一门、部门联动的良性工作机制。

　　三是规范安全、公开透明的运作机制。整合前，财政支农资金项目申报和实施过程中，各有各的流程和要求，有些项目存在一定的盲目性和随意性，甚至有为争取资金弄虚作假的现象。整合后，建立完善了一系列规章制度，做到了统一申报立项，统一组织实施，统一协调建设，统一资金管理，统一竣工验收的“五个统一”，实行全过程阳光操作，并向社会公开，接受社会监督。

　　四是因地制宜、科学发展的创新机制。整合后，充分发挥了各方积极性，开拓创新，由以前的各部门分散管理转变为由支农资金领导小组统一协调管理，并且加入了审计、纪检监察部门，做到全程跟踪管理和监督；出台了一系列政策文件，保障了项目和资金的效率和安全；结合本区实际，对整个项目的申报、立项、实施到验收后的绩效评估进行了流程再造和创新，形成了科学合理的工作流程图，提高了工作效率和效能。

　　五是政府务实高效、作风优良的长效机制。通过整合，政府部门在角色转换和作风建设上有了很大提高，支农资金整合加强了各涉农部门间的协调配合，相关部门从以前注重争资金、争项目，转变为对全区的农业整体规划和对“三农”问题进行调研思考上来，以及从现代农业项目建设和新农村建设相结合的Cye.com.cn角度上来细化完善支农资金整合工作；加强了对项目的管理和对项目单位的服务，通过减少资金拨付环节，协调和解决项目单位碰到的实施过程中的如政府采购、相关技术问题等，有效克服了“缺位”和“越位”的现象。