两税合一已成定局。这对于长三角无论是外资还是内资企业都是一个好消息，但是，正如中国社会科学院财贸所段炳德所言，企业更愿意接受一个稳定的税收政策而非优惠却不稳定的政策。政策的稳定，一方面由政策的延续性来保证，另一方面，必须由政策的细化程度来保证。 
 
　　以新税法的优惠政策来说。对符合条件的小型微利企业实行20%的优惠税率，对国家需要重点扶持的高新技术企业实行15%的优惠税率，扩大对创业投资企业的税收优惠，以及企业投资于环境保护、节能节水、安全生产等方面的税收优惠。同时，保留对农林牧渔业、基础设施投资的税收优惠政策。对劳服企业、福利企业、资源综合利用企业的直接减免税政策采取替代性优惠政策。

　　这些优惠细则表面看来将有利于国家产业结构调整，有利于国家扶持弱势和落实保障政策，但是一旦实施，就有可能遇到一些问题。比如，高新技术企业怎么界定，由谁来审批。如果由地方来审批，是否可能造成标准不统一，掺杂地方利益的问题。如果由中央统一审批，是否又会造成效率低下。同样地，小型微利企业怎么划分，环保企业、资源综合利用企业怎么认定，这些都需要新税法尽快出台细节来保证。

　　除此以外，有专家分析指出，尽管内资企业降低了税率，但是对于长三角很多城市来说，考虑到长三角外向型经济发展较好，外资企业的数量和质量在全国都处于领先地位，外资企业税率的提高对缓解财政减收压力的作用明显。政府在这个情况下，应该考虑更合理分配财政收入，尤其是把财政收入更多地投入到解决民生问题中。过去的几年中，长三角政府财政收入在教育、医疗卫生、社会保障等领域的投入一直在增加，但是，增速与经济增长速度仍然不配套。

　　另外，对于长三角来说，一旦两税合一正式推行，部分跨国企业的利益还是将在一定程度上受损。资本的逐利性是不可改变的，不少跨国企业很可能出现全球转移定价的避税行为。这不但损害相关国家的税收利益，也挑战所在国的税法权威。因此，其行为一直是国际税收合作中打击的重点。两税合一后，对于类似的外商避税暗流，国家监管层应该提早准备。